校园三剑客各有所指：校园超人杨歌隐喻了梦想，生物少女白雪隐喻为博学，而电脑天才张小开隐喻的是实践。人类拥有梦想和知识，必须通过双手实践才能将它们最终转化为创造力。少年正是怀抱赤子之心的年龄，希望此时正翻阅《校园三剑客》的你不忘初心，充满阳光！

校园三剑客乘上“辛巴德”号科学考察船，海上刮起龙卷风，校园三剑客和船长阿力沉入海底，美人鱼阿呀将他们带到了神秘的海底世界亚特兰蒂斯，而善良的阿呀也救回了一个被鲨鱼追击的潜水员坏蛋怀特博士，就在亚特兰蒂斯国王设宴款待校园三剑客的时候，整个亚特兰蒂斯陷入了一片黑暗，亚特兰蒂斯的能量源太阳石丢失了……