《尹昌衡集(套装共5册)》为迄今搜集到的尹昌衡著作的汇集（个别篇章因故未收），大多是辛亥革命前后和民国初年的，包括论文、专著、信札、讲话、会议记录、诗歌、尹昌衡本人及与他人联名的电稿，以及就任四川军政府大都督期间的有关公牍，等等。依其文体形式，按以下三大类分别编辑：一为“文电”，二为“诗歌”，三为“著述”。为便于读者了解有关史实，还同时收录了部分与尹昌衡有关的公牍、往来电稿、信札、媒体记述和私人呈文等作为附录，置于相关问题之后，以供研究参考。

《尹昌衡集(1册)》
　一 文电
　改名为尹昌衡（1908年12月1日前后）
　附录小村寿太郎致寺内正毅函（1908年12月14日）
　圣私篇（1909年留日回国前）
　武德论（1910年5、6月）
　圣武篇（1910年6月21日）
　兵事纲要（1911年4月13日）
　告全蜀父老兄弟文（1911年12月10日）
　再告全蜀父老兄弟文（1911年12月10日）
　告示一（1911年12月中旬）
　告示二（1911年12月中旬）
　文告一束（1911年12月22日）
　与罗纶宣布就职通告（1911年12月27日）
　致重庆蜀军政府书（1911年12月29日）

《尹昌衡集(1册)》
　一 文电
　改名为尹昌衡（1908年12月1日前后）
　附录小村寿太郎致寺内正毅函（1908年12月14日）
　圣私篇（1909年留日回国前）
　武德论（1910年5、6月）
　圣武篇（1910年6月21日）
　兵事纲要（1911年4月13日）
　告全蜀父老兄弟文（1911年12月10日）
　再告全蜀父老兄弟文（1911年12月10日）
　告示一（1911年12月中旬）
　告示二（1911年12月中旬）
　文告一束（1911年12月22日）
　与罗纶宣布就职通告（1911年12月27日）
　致重庆蜀军政府书（1911年12月29日）
　颁发捕杀赵尔丰奖状文（1911年12月）
　宣布四川独立及兵变经过通告（1911年12月）
　附录成都独立后与清廷赵尔疯所订条约
　宣慰雅州父老文（1911年12月）
　通饬清查各路同志军真伪札（1911年12月）
　……
　
《尹昌衡集(2册)》
　二诗歌
　甲寅以前稿
　桂林赠陆干卿
　感怀
　送唐萁菮、刘积之赴滇练兵
　自题同胞小照
　桂林城中冒雨立马独秀峰危崖观雁五近一首
　困极有感
　西征寄内
　西征夜行军
　西征思亲
　西征抱病
　瘗卒
　奏凯
　思解职读书一首
　西征寄内
　大觉悟
　将军观
　无题
　……
　
《尹昌衡集(3册)》
　经术讦时
　自题
　讦原
　讦邻
　讦极
　讦官
　讦民
　讦教
　讦法
　讦政
　讦陟
　讦罚
　讦兵
　讦党
　讦言
　讦藩
　讦才
　讦议
　讦财
　讦学
　讦普
　讦志
　讦谋
　讦艺
　……
　
《尹昌衡集(4册)》
　寓言
　序
　序二
　序三
　序四
　序五
　第一卷春
　尹乐
　张良
　佛老
　尧舜
　郑康成
　扬雄
　陈抟
　指鹿
　庄、屈
　仲尼
　说法
　忧国
　齐威王
　赵威后
　焦赣
　齐家
　化蚕
　……
　
《尹昌衡集(5册)》
　唯白论
　万法唯白
　止园书局发行《唯白论》内容略说
《止园唯白论》序
　勾弦略评
　开宗图
　内皇外者之图
　内篇?纲言
　内篇?释文
　惟乐统万
　唯白论
　原白
　白乐合
　述“颉罗经”
　宇宙唯白
　颂白
　五教开源
　八识规矩
　惩私欲
　究事理
　立三理
　真理
　物理
　事理
　……