全书共八卷，卷一至卷七论述六经病理论，卷八为湿暍温、差后劳复食复阴阳易、霍乱篇理论，后附平脉法、辨脉法、重集可与不可篇。《伤寒百十三方发明》成于1667年，不分卷，共16篇。对《伤寒论》一百十三方逐方注释，阐述制方之义、适应证及病因病机。《伤寒抉疑》成书于1768年。程云来提出有关伤寒发病、病理、临床辨证和治疗等方面的疑问共15则，喻家言一一予以答辩，提出了一些独特见解，后由徐彬传录刊行，题名《伤寒抉疑》。《伤寒图论》成于1667年，作者对人身呼吸之气随昼夜循行规律、人身五行之气与四时相应理论等，绘制伤寒杂病十二经传经图、呼吸行气应脉之图、脏腑本气五行所属图，并依此对伤寒杂病发病原理、十二经传经等进行论述。