从1368年到1911年，近550年的明清时代，在这数百年里，佛教缓慢地发展着，虽在教派和义理上没有大的转折，但从帝王到民间的普及程度大大强化，这一时期儒、释、道三教合流渐成气候，世俗化特征明显，大量反映三教合一劝善之言的善书、宝卷广为流行。
　　藏传佛教在明清时期有了很大发展。明朝对西藏达赖的册封体系已完成，清朝更以藏地活佛为国师，并根据藏、满、蒙几个民族相似的宗教文化，试图以喇嘛教来控制边疆关系。

序言 治乱之间法音长
一 诸宗合流善同归
——佛教发展
1 以佛法善世
——明朝的佛教政策
2 佛法善巧百姓家
——明代佛教善书和宝卷的流行
3 诸宗合流，三教合
——明代佛教的趋势
4 一时荣宠
——清朝帝室与佛教
5 汉藏一统
——明清时期藏传佛教的发展
6 佛法常在白衣间
——明清居士佛教的发展
7 亦荣亦衰
——明清时期的日韩佛教

二 声留千古法名扬
——两代名僧
1 明朝第一宗师
——楚石梵琦
2 黑衣宰相
——道衍
3 净土八祖
——云栖袜宏
4 远追临济，上接大慧
——紫柏真可
5 曹溪中兴之祖
——憨山德清
6 临济三峰派宗主
——汉月法藏．
7 日本黄檗宗主
——隐元隆琦
8 晚明佛教集大成者
——蕅益智旭
9 清初国师
——玉林通琇
10 雍和宫第一任堪布
——三世章嘉活佛