在怪兽灾害被视为与地震、台风同级别自然灾害的时代，为数不多的怪兽大国日本设置了怪兽对策专家集团气象厅特异生物对策部，简称气特对。为了准确预测各种怪兽的出现、最大限度地保障民众的安全，他们和自卫队合作，运用头脑与经验展开作战行动……